克隆鉴定是分子克隆实验中最常进行的工作之一。如果能掌握正确的方法，尽量减少克隆鉴定所需的等待时间以及工作量，将为分子生物工作者节约更多的宝贵时间、精力并加快实验的进度，这就是经验丰富的实验者常说的合理的“偷懒”（或类似的说法）。以下总结了几种可以省时省力进行克隆鉴定的“偷懒”窍门，以期对要经常进行此项实验的分子生物工作者有些帮助。
“偷懒”窍门一：多利用PCR鉴定进行克隆鉴定
“偷懒”窍门一：多利用PCR鉴定进行克隆鉴定
克隆鉴定最常用到酶切鉴定，PCR鉴定两种方法。
酶切鉴定：此方法是利用最终克隆质粒特有的酶切图谱进行筛选，需要先进行摇菌、抽提质粒、酶切消化、电泳几个步骤，步骤多，时间长，出差错的可能性也高（质粒抽提成功与否，酶切消化完全与否都会影响实验的结果）。而且酶切鉴定受酶切图谱及内切酶的限制：如果找不到易于区别阳性、阴性克隆的酶切结果，或者无合适的内切酶可用，酶切鉴定实行起来就有困难。因此分子实验室的老手们常常都不把酶切鉴定列为优先的选择，而是作为一种补充手段或者进一步验证的方法。
PCR鉴定：而利用PCR进行克隆鉴定所基于的原理有两种情况：
1. 利用分别结合载体及外源DNA序列的特异引物充当上、下游引物进行PCR扩增，外源DNA正确插入后的最终克隆会扩增出预计大小的扩增带（原理示意图见图一）。
图一：克隆PCR鉴定原理之一
2. 利用结合于载体上克隆位点两侧的上、下游引物对筛选克隆进行PCR，通过扩增条带的大小来判断是否有外源DNA插入，此时不必知道外源DNA的序列，可用来鉴定未知序列的外源DNA的克隆（原理示意图见图二）。
图二：克隆PCR鉴定原理之二 
PCR鉴定可以用抽提后的质粒DNA充当模板开始PCR扩增，也可以直接以菌落或少量菌液（见窍门二）为模板开始PCR扩增，后一种情况只需经过PCR扩增，电泳步骤就可以得到鉴定结果，步骤简单、快捷，而且可同时筛选数十甚至数百个克隆，这些优点让PCR鉴定成为很多分子生物工作者首选的克隆鉴定方法。
需要注意的PCR假阳性条带：
PCR鉴定中的最大问题当属PCR的假阳性，假阳性产生的主要原因有两种：
1. 由于用于转化的连接产物DNA会残留在平板上，使用菌落做PCR模板时，常会沾染连接产物DNA而导致假阳性。
2. 引物的非特异性结合导致的非特异性扩增条带（特别有当非特异性扩增条带大小与预计条带大小相差不多时，对结果判断影响很大）。
幸运的是真正的阳性克隆其PCR扩增条带产量非常的高（这是由于阳性克隆中的PCR模板是质粒的原因），使得阳性克隆所产生的扩增带在绝大多数情况下较上面两种情况所产生的扩增带要明亮很多（参见窍门三中的图四），较容易得出正确的判断。
使用少量培养后的菌液代替菌落进行PCR鉴定会有效减少第一种情况所导致的假阳性（具体方法见窍门二）。