· 菁良即将推出0.1% ctDNA标准品
· 联合业内知名IVD检测公司测试0.5% ctDNA标准品
· 测试结果展示标准品如何监控并验证检测流程的稳定性
· 低频位点设计可以监控检测公司检测能力和检测限
随着自有实验室生产能力的完善，菁良基因陆续推出了一系列的肿瘤检测标准品。应广大客户的要求，菁良即将推出0.1% ctDNA标准品。在正式推出低突变频率ctDNA标准品前，菁良联合业内知名IVD公司N就提前生产的0.5% ctDNA标准品样品进行了测试。
0.5% ctDNA标准品样品信息
知名IVD 公司N检测方法
测试原材料：
产品形式：ctDNA
浓度：20ng/µl
实验方案：取三次阳性参考品进行目标区域测序，并且配以相应的阴性参考品作为对照。
建库起始量：30ng/次
建库方法：KAPA Hyper Prep kit
捕获方法：IDT xGen® Probes Panel
测序平台：illumina NovaSeq 6000
测序策略：PE150
结果分析
检测准确性
将三次阳性样本变异检测数据结果取平均值，并验证检测值是否在误差范围内
由上图可以看出：NRAS Q61K位点的检测AF超过了上限，偏离了23.1%；并且三次测量中有两次并未检测到该点，唯一一次检测到的值（如图示）落在范围之外；有可能是该点的特殊结构导致了建库偏差，从而影响了测序准确性。其余7个位点皆分布在检测上下限之内。
检测稳定性
我们将每个位点对应的三次检测结果，进行分析，做出AF分布箱线图。
由上述两位点AF分布箱线图，我们可以看出所有三个批次的浓度和AF检测值，皆分布在上下限范围之内，并没有异常的数据出现，且分布稳定，均匀。并且其他4个位点的AF分布箱线图也和上述情况类似，表明该公司在大多数位点检测流程稳定。
从上述EGFR T790M AF箱线图（左）可以看出，整体检测结果偏下限，表明该点存在偏高的异常值；从NRAS Q61K （右）箱线图可以看出，检测值只有上限无下限，表示该点检测流程极不稳定，也不准确。
结论
在上述测序条件下，该公司的NGS检测流程的ctDNA突变频率检测下限可以达到千分之五，并且绝大多数位点检测结果稳定可靠。